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財政部臺灣省中區國稅局表示,包作業承包工程,其開立統一發票報繳營業稅之時限,應依「營業人開立銷售憑證時限表」規定,依工程合約所載每期應收價款時開立,縱使以工程尾款抵償違約金或賠償款,仍然不影響應該依法開立統一發票的作為義務。

該局舉一案例說明,甲公司承攬一棟集合住宅大廈修繕補強工程,其中工程尾款,未依營業人開立銷售憑證時限表規定的時限,開立統一發票及報繳營業稅,違反營業稅法第32條第1項前段及第35條第1項等規定,被國稅局查獲,除了核定補徵營業稅額外,還就所逃漏的稅額裁處罰鍰。甲公司不服,主張其因工程延宕,以及施工期間造成住戶不便,而與該整建大廈之管理委員會協議由甲公司回饋住戶補償金,並由工程尾款減除,所以該折讓之工程款以商業折讓方式處理,不另開立統一發票及折讓單等理由,提起行政救濟,但遭高等行政法院判決敗訴。

高等行政法院判決理由指出,甲公司因工程延宕及施工期間造成住戶不便之情形,在工程完工後,以相當金額賠償住戶或社區管委會,尚符常情及事理,然甲公司為包作業,其承包該工程,自應依「營業人開立銷售憑證時限表」規定(依其工程合約所載每期應收價款時為限),及系爭工程合約書所載付款辦法,開立統一發票給予大廈管委會(出包人),並依營業稅法第15條及第35條之規定,完成申報繳納營業稅的義務,所以甲公司並不因系爭工程尾款用以抵償回饋金,未請領工程尾款,而免除其就系爭工程尾款開立發票及報繳稅款的義務,因而認為國稅局依營業稅法第51條第3項規定,按所漏稅額裁處罰鍰,並沒有錯誤,判決甲公司敗訴。
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